宝宝每天凌晨都会咳嗽是因为变异型哮喘导致的。在凌晨3点到5点迷走神经很容易发生兴奋现象，导致支气管平滑肌发生痉挛，从而引发咳嗽的出现，是由于存在气道高反应性所致，也就是气道高反应所致的咳嗽变异性的哮喘。
缺乏维生素锌或钙导致的，应该及时带孩子做个微量元素检测。应该带孩子去医院进一步进行检查才好，针对性采取下一步的治疗措施。同时多锻炼身体，多晒太阳。平时多给孩子喝点骨头汤，多吃点鱼，虾皮，海带。
宝宝夜间出现咳嗽症状。要考虑身体有病原体感染引起的。常见于病毒，细菌，支原体等。宝宝的情况考虑是由于急性支气管炎引起的咳嗽，现在痰液比较多，宝宝又比较小，如果服用化痰止咳药物效果不好的话可以采取雾化帮助治疗。同时注意多喝水，清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物。
可能由于饮食及生活不规律，胃粘膜损伤等导致。平时要规律生活，不要熬夜，日常生活中要注意饮食习惯，不吃油腻的食物，辛辣刺激的食物，生冷的食物。还要保持良好心态，情绪。
一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
凌晨3点才睡觉属于严重的熬夜行为，大多数的激素在凌晨11点到1点之间分泌，此期间如果没有进入深睡眠状态，就会影响正常的激素分泌规律。因此长期的熬夜会导致内分泌失调，熬夜，过度疲劳可能诱发心律失常，导致恶性心律失常增加猝死的风险。
