巧克力囊肿可以做B超检查，通过B超检查能够发现囊肿的大小以及位置，可以看见囊肿的具体部位，还可以判断囊肿内部的具体性质。初次前往医院检查的时候需要进行常规的妇科检查，比如三合诊检查、双合诊检查，这种检查可以发现囊肿的存在。
巧克力囊肿是可以通过妇科检查的方式来判断巧克力囊肿的主要发病部位，对于子宫内膜异位症的病人来讲，是很容易产生触痛感的，巧克力囊肿的直径会小于十厘米左右。可以通过腹腔镜检查。
巧克力囊肿挂妇科，可采用药物或（和）手术治疗（保守性）。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治好方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病好点的处理方法。
预防巧克力囊肿注意多吃些蔬菜水果，不要吃垃圾食品，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。精神放松，保持心情舒畅，保持阴部清洁卫生，不要喝酒抽烟，定期做复查，可以配合活血化瘀药物进行治疗的，必要时可以考虑做微创术。
巧囊是由于子宫内膜异位症引起的，子宫内膜异位症的多是有比较严重的痛经的，如果是由于出血引起的盆腔内有明显的粘连，可鞥会引起继发性不孕症的，所以说应该进行系统的治疗。
巧克力囊肿的表现是进行性加重的痛经，可以在经前、经期、或经后出现，月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵，分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育，腹痛，主要与囊肿破裂后出现。
