一般情况下，药物流产后流不干净，做清宫手术是会疼的，属于正常的反应。
清宫手术的疼痛感主要是清宫时扩张宫腔带来的，在医疗器械进入宫腔内的刮宫过程也会疼痛，因此药物流产后流不干净，做清宫手术是会疼的。在采用无痛的清宫手术后，麻药药效过后，也会有轻微的疼痛感，但是一般在可以承受的范围内。
日常生活中女性要注意多休息，坚持清淡饮食，不要吃辛辣、刺激的食物，有利于病情的恢复。
流产术后复查不干净可以使用以下办法，具体分析如下：
流产后如果复查不干净，要根据残留组织物的大小来进行治疗。如果残存的组织物很大，可以进行清宫手术，如果残留组织物较小，可以服用活血化瘀的益母草胶囊或五加生化胶囊。再观察剩余组织物在阴道留血时是否会被排出。此外，如果出现感染，应首先进行抗感染处理，之后才能进行清宫手术。
如果是顺产产后胎盘剥离不全，没有其他如感染、出血等相关症状，单纯进行清宫手术，应该可以在门诊手术室进行，但如果有其他并发症或并发症是需要住院的，而且清宫术后还需要病理检查及抗炎促宫缩治疗。
清宫手术一个月左右才能恢复的，清宫后的注意事项和人流手术差不多的，术后一个月内不能性生活，注意休息，注意预防感染，不然会腰痛，腰痛有可能是腰肌劳损等原因引起的，注意不要久站或久坐。
清宫手术过后一个月后通常可以同房。因为在清宫手术过程中，一般会对子宫内膜造成损伤，并且术后的宫颈内口呈开放状态。如果这段时间同房，容易使得细菌容易通过阴道上行感染，诱发子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎等妇科炎症，导致腹痛、输卵管黏连堵塞、月经异常等症状，甚至影响生育功能。清宫术后要注意休息，加强营养，多吃蛋白质丰富的食物，促进身体愈合，注意会阴清洁卫生。
阴道流血会持续存在，由于宫腔内有残留物，会对子宫内膜反复刺激，引发出血。出血时间可能比较长，一般会在一个星期以上。流血的颜色一般持续是鲜红色，没有转变为黑褐色的迹象。还一个是腹痛的症状持续存在，而且不缓解，甚至有加重的可能。