胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
胃镜下胃间质瘤切除方法有ESD剥离术，隧道法和全层切除法是剥离术主要的方法，隧道法就是在胃黏膜下打隧道，找到病变挖除，然后把隧道口封闭，ESD挖除法指将黏膜表面剖开，把病变直接挖除。
会有复发的可能性。主要是看手术后恢复的怎么样。一定要按照医嘱吃药。和术后恢复。胃肠道间质瘤是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤，有良恶性之分，目前有手术和化学药物疗法。
胃肠道间质瘤是比较容易复发的，特别是一些高危患者，如5公分以上，核分裂>5/50高倍，手术的时候有破溃，非常容易复发。所以这也是术后推荐靶向治疗的原因。术后复查是非常重要的，因为比较容易复发，做过胃肠道间质瘤的手术以后，如果是中高危的患者，术后1个月开始靶向治疗，每3个月做B超，CT6个月左右做1次。胃镜或者肠镜1年左右做1次。2-5年之间每半年做1次复查，5年以后每1年做1次复查。
通常情况下，食管间质瘤患者需要做影像学检查、细针穿刺活检等检查。具体情况分析如下：
影像学检查：食管间质瘤是原发于食管内除平滑肌瘤或神经源性肿瘤之外的另一类间叶源性肿瘤，食管间质瘤患者可以通过做CT检查明确肿瘤的部位、大小及侵犯范围，做MRI检查显示肿瘤内坏死、出血、囊性变及周围脏器。
细针穿刺活检：食管间质瘤患者可以通过做细针穿刺活检判断肿块的良恶性。
通常情况下，对于胃间质瘤，如无手术禁忌，则需行外科手术，胃间质瘤则采用腹腔镜下手术，胃底部及胃体部的胃间质瘤则需行胃楔形切除术。切除范围为1~2cm，除肿瘤外，尚有正常胃壁组织。
如果是中高危病人，可以选择伊马替尼作为一种靶向药物。术后要注意饮食，尽量少吃，尽量少吃，尽量少吃东西，术后要定期随访，胃镜检查一年以内。
