HPV的治疗目前还没有特效的药物，可以通过角质剥离剂、细胞毒药物等药物来进行治疗。
角质剥离剂能促进皮肤的再生，调节皮肤的增生与分化，从而使得皮肤上的角质层变得更加的松软和易于脱落，可以有效地治疗HPV感染所致的皮肤异常。细胞毒药物可以通过对DNA和RNA的合成进行控制，以提高HPV感染所致的皮肤增殖性皮肤损伤，但这种药会留下黑点，需要谨慎使用。
目前并没有特效的口服药物治疗HPV感染，患者可以通过一般治疗进行治疗。
目前还没有针对HPV的口服药物，干扰素是一种可以抑制被感染的细胞内的病毒，从而提高机体对被感染的细胞的杀伤能力。对于长期存在的HPV患者，可以通过口服重组人干扰素β-2b泡沫片进行治疗。如果是女性的外阴部有尖锐湿疣，可以在医生的指导下外用鬼臼毒素软膏、氟尿嘧啶乳膏等药物进行治疗。
抗病毒药物治疗hpv转阴效果比较好。
患者感染HPV，可以使用伐昔洛韦、恩替卡韦、更昔洛韦等抗病毒药进行治疗，可以在一定程度上控制病毒的复制，同时还可以防止病毒的传播，从而减轻患者的临床表现，促进患者的病情好转。在这期间，患者可以适当补充营养，增强体质，有助于病情恢复。
HPV阳性并没有特效药物能够转阴，但是可以通过抗病毒药物进行辅助治疗。
单纯性HPV阳性一般不需要特殊治疗，此时患者可通过自身免疫力来消除病毒。但是病情长期存在，很有可能会诱发尖锐湿疣、宫颈癌等疾病，此时一般需要用干扰素凝胶、白介素转移因子口服液等药物进行治疗，能够控制病毒的复制。
用保妇康栓HPV转阴是很正常的，查体如果发现HPV阳性，考虑是人乳头病毒感染，人乳头病毒有高危型、低危型。高危型病毒持续感染容易出现宫颈癌的倾向，低危型的可以观察，没有症状也可能会出现尖锐湿疣，也可能伴有阴道炎症或是宫颈炎症存在。
使用干扰素之后，HPV18有转阴的可能。
HPV18阳性一般均能痊愈，HPV18阳性与否能不能转阴性，要看其本身免疫力及用药情况。HPV18感染后，大部分病人一年内可变为阴性，只有少部分的病人会持续阳性。
HPV18的持续性感染与宫颈癌发病关系密切，还可以以尖锐湿疣的形式出现。感染HPV18的病人可用干扰素和丽贝卡等治疗、保妇康栓及其他用药。
