主要的治疗方法有每日清水清洗包皮、龟头，彻底清除包皮腔内的包皮垢，保持局部的清洁卫生。外涂药膏，性伴侣或配偶同时治疗。如果包皮龟头炎反复发作，也可以做包皮环切手术。
真菌性包皮龟头炎需要抗真菌治疗。每天可以用一些消炎水进行治疗。有必要在专业人士的指导下使用药物。暂时不要做爱，以免传染给对方。注意个人卫生，经常换内衣，不要吃辛辣食物。
预防霉菌性包皮龟头炎复发的措施有：第一、解除引起霉菌性包皮龟头的环境，环境因素比较重要，大部分包皮过长、包茎有问题的男性，常常会引发霉菌性包皮龟头炎，所以，要解决包皮过长或包茎有问题的情况。第二、积极治疗身体其他部位的真菌感染，如手足癣、股癣等。第三、治疗期间避免进行性生活，女方积极进行检查、治疗，避免性生活交叉感染。
男性得了霉菌性龟头炎后，留取龟头的分泌物做涂片检查或者培养检查，如涂片发现真菌或者霉菌，则建议抗真菌治疗。常用药物有酮康唑或氟康唑片，口服，每日1-2次。其次还可以进行局部清洗，保持龟头分泌物清洁，并且保持龟头干燥。
包皮龟头炎如果严重了，可能会影响以后的生活，自己一个人没受过专业的培训，不建议盲目操作，包皮龟头炎一般是由于包皮过长，包茎引起细菌感染。此外，如果包皮过长，包茎不缓解，炎症会反复感染。如果存在包皮过长，包茎的情况，尽快做包皮环切术治疗。平时不喝酒，不吃辛辣刺激的食物，不吃海鲜。包皮环切术在临床上很常见。许多医院都可以进行这种手术，而且恢复得更快，病人的痛苦也更少。
