肠道内病毒感染轮状病毒、诺瓦克病毒、埃可病毒、柯萨基病毒、腺病毒等。肠道内细菌感染：大肠杆菌、空肠弯曲菌、叶尔森肠炎杆菌、鼠伤寒沙门菌、金黄色葡萄球菌等。道内真菌感染：白色念珠菌、曲菌、毛霉菌等。
急性扁桃体炎这两类感染都可以发生，需要结合咽部的分泌物细菌培养才能够进一步的确定。一般细菌感染导致的咽喉部疼痛会比较剧烈，而且引起的发热症状会是持续的高热，在使用退热药物后，全身乏力的感觉也没有明显的改善。病毒感染导致的扁桃体炎会在查体时发现，表面黏膜是水肿的，而且在使用退热药物后，全身乏力的症状能够得到有效的缓解。
如果细菌感染导致的咽喉部疼痛会比较剧烈，而且引起来的发热症状会是持续的高热，在使用退热药物后，全身乏力的感觉也没有明显的改善，那就是细菌感染，若表面黏膜是水肿的，而且在使用退热药物后，全身乏力的症状能够得到有效的缓解是病毒感染。
扁桃体发炎多是由于孩子比较小，抵抗力比较差，出现受凉感冒，引起了这种扁桃体发炎的症状，期间还会出现反复发烧，可以给予药物治疗，如果烧得比较厉害，可以用物理降温和退烧药的方式，先把孩子体温降下来，一般一周左右的时间会完全恢复正常，抗病毒药物对此病的治疗效果比较好。
引起扁桃体发炎的，大多是细菌感染，也有少数是病毒性感染引起的。最常见的感染细菌是溶血性链球菌，反复感染溶血性链球菌，会导致风湿性心脏病、急性肾小球肾炎的可能，所以要及时进行药物治疗。
细菌感染需要使用抗生素，如果口服消炎药物效果不好，可以选择静脉输液治疗。细菌侵入人体后是否引起感染，与人的防御、免疫功能，细菌的毒力及数量有关。环境卫生、个人卫生、营养状况及小儿保健工作的不断改善，细菌感染的发病率必然会随着下降。
