肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
有可能属于痔疮脱出或者是直肠脱垂现象。痔疮脱出后在肛门口可以看到梅花瓣样的肉块儿，直肠脱垂属于套叠形状的黏膜突出。如果属于痔疮时，轻症可以保守治疗，严重时需要手术。
手术治疗：成人完全性直肠脱垂的手术方法很多，各有优缺点和不同的复发率。手术途径有4种：经腹部、经会阴、经腹会阴和经骶部。前两种途径应用较多。经腹部手术中直肠悬吊固定术治疗直肠脱垂疗效肯定。
隐睾需要进行手术治疗，一般隐睾可以通过睾丸下降，固定手术进行治疗，将睾丸松解，然后放入阴囊中，这样可以改善睾丸的周围环境，避免引起一系列病变。隐睾可以位于腹腔或者位于腹股沟，由于隐睾的位置比较高，周围的环境温度较高，所以会影响到睾丸的生精功能以及睾丸的发育。
