肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁，可采用低位锁肛或高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。术后要注意孩子的营养，孩子外阴的卫生要保证好的，密切观察。
肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能治好肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能肛瘘。
先天性肛门闭锁又称锁肛指新生儿肠道没有出口，有时合并直肠尿道瘘或直肠阴道瘘，其治疗分三种情况：新生儿肛门完全没有出口需立即手术，否则导致肠梗阻、常坏死，新生儿死亡；新生儿并发直肠阴道瘘或直肠尿道瘘，大便从阴道或尿道内流出，这类患儿不会导致死亡，但如尿道或阴道存留粪便太多会引起阴道炎或膀胱炎；如闭塞不通的直肠下端位于控制肛门开闭的肛门括约肌上，应在新生儿出生后在腹壁做一直肠造口（人工肛门），在1岁左右再二期手术造肛门。
大便出血，如果是鲜血，有可能是由于痔疮表现的，大便表面有鲜血，考虑多见于痔疮的症状。如果是呈粘液血便，那么有可能是直肠肿瘤，溃肠性结肠炎导致的情况，如果是无痛性大便出血，有可能是结肠息肉引起的情况。
排便时出现肠脱出这是直肠脱垂的表现。目前直肠脱垂的病因尚不完全明确，有可能和解剖因素、腹压增加以及直肠息肉、内痔有关。解大便的时候有肠子出来，这是直肠松弛套叠引起的。首先可以在大夫指导下肛门用药口服调节胃肠道功能的药物，平时别吃辛辣刺激性食物，多吃新鲜蔬菜和水果，多喝水，促进代谢，促进胃肠道蠕动，预防便秘，如果用药物治疗效果不明显，可以考虑手术治疗。
