肛门里面疼痛常见原因是痔疮，也见于肠炎、肛周脓肿、肛裂、肛瘘之类疾病，这组肛周疾病具体病名诊断，需要结合表现以及直肠指检和直肠镜检查，一般直肠镜检查可以明确原因。
肛门内疼痛是一种常见的临床症状，为多种直肠疾病的共性表现，如痔疮、肛裂、直肠癌、肠腺瘤、便秘等。此外，女性做宫颈癌盆腔放疗时也可出现肛门内疼痛。临床上痔疮和直肠癌可同时存在。因此，一旦出现肛门疼痛，应提高警惕，观察是否有便血、大便习惯改变、腹部包块、体重减轻等症状，需要综合分析。
一般引起肛门处疼痛最常见的因素还是有肛裂，另外当痔疮发生血栓的时候也会有疼痛带着，肛裂的疼痛是刀割一样肛周脓肿是肛门周围肛窦发生了感染，引起了肛门周围组织的化脓。
考虑可能有直肠肛门痉挛痛症的可能。该病主要症状是自觉肛门直肠疼痛，每次疼痛数秒或数分钟，有的也可持续疼痛。但一般全身情况好，直肠肛门局部相关检查无明显器介质性病变可解释。
肛瘘疼痛缓解可以选择非手术治疗，包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能完全恢复的，或者是手术治疗挂线或切除。
