一般数量不多的小的纳氏囊肿不需要特殊治疗，主要积极的治疗原发疾病，可以定期复诊。在合并有感染的时进行抗炎治疗。数量较多的或者体积较大的纳氏囊肿，可以通过激光、微波等物理治疗方法。
子宫颈腺囊肿绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化，子宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管将腺管堵塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。没有症状一般不需要处理。如果有白带增多可以局部用药物，平时注意保持外阴清洁干燥。
宫颈纳氏囊肿是指的宫颈腺管堵塞引起的，是慢性宫颈炎的一种，常伴有或者是不伴有分泌物增多，大部分没有异味。如果没有症状，囊肿小不需要治疗。如果是有下腹部坠胀，腰骶部不适考虑是囊肿过大引起的，可以用激光治疗或者是用穿刺针刺破囊肿，让里面的储留液流出，就可以缓解症状。
慢性盆腔炎在治疗方面，主要是要根据自身的情况选用左氧氟沙星和奥硝唑，也可以使用中成药，中医中药辨证施治，疗效还是比较明显的，将浓缩后的中药保留灌肠，效果也不错。物理疗法可采用激光治疗仪、妇科综合治疗仪、超短波等方式，可以促进子宫收缩，改善盆底血液循环，促进炎症消散。以上这些方法都能够治疗慢性盆腔炎，想要彻底治疗，则需要在医生的指导下长期坚持。
女性外阴不洁、抵抗力差等因素会导致慢性盆腔炎和附件炎。具体的治疗方法要看慢性盆腔炎、附件炎的时间。急性发作时可以口服广谱抗生素，配合甲硝唑口服，一周左右就会有明显的改善。如果不是急性发作，可以服用左氧氟沙星等药物来抑制炎症。还可以通过按摩、热敷等物理疗法来进行治疗，这样可以促进血液循环，促进炎症的吸收。
通常来说，宫颈纳氏囊肿和右侧卵巢囊肿可以通过手术进行治疗。
宫颈纳氏囊肿同宫颈柱状上皮异位、宫颈息肉一样，是慢性宫颈炎常见的一种表现，可以通过腹腔镜下卵巢囊肿摘除术；右侧卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，一般不会对人体造成损害，大多数患者的可自行消失，但部分患者的囊肿可不断增大，引起下腹部不适、月经异常等，可以通过手术进行治疗，比如卵巢囊肿剔除术、单孔腹腔镜下卵巢囊肿剥除术、卵巢切除术等。
