先天性阴茎短小目前仍无治疗方法。后天性的阴茎短小，主要因睾丸痿缩引起。如长其从事超声、微波、放射线、高温等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸炎。长期食用粗制棉籽油等，均可引起睾丸痿缩。
阴茎短小有办法解决，可以在指导下进行检查，确定是不是生殖器发育短小，如果出现阴茎短小影响性生活，可以通过阴茎延长术进行治疗。把隐藏在盆腔里的那一部分阴茎拖出来，从而达到延长的目的。
阴茎是男性所特有的，而它的生长发育是与多种因素有关，如患者自身的体质、体内的激素水平、不良的生活习惯、生活环境等有关。还有一些器质性疾病，如睾丸萎缩或睾丸生精功能障碍或睾丸产生的雄激素分泌减少，这将导致临床上阴茎发育短暂，治疗方法可以通过阴茎手术来延长它。
阴茎大小主要与遗传、身体营养状况、肥胖的因素有关，也有先天性的，如果阴茎的确很短，在正常低线以下，则必须找专科医师就诊。性征发育异常：各种类型的尿道下裂和尿道上裂。不仅有阴茎短小，而且有不同程度的阴茎弯曲，会影响性功能和生育。为此，必须进行手术整形治疗。
在成年男性当中一般阴茎勃起后大于12cm是比较正常的。所以看一下是否有性生活质量比较差或者时间短的情况还有就是如果说平时性功能方面也都是正常，这样看也没事的，平时有一个合理的生活和饮食习惯，多进行运动锻炼身体就好。
阴茎短小明显会影响性生活，是否生育需要精液常规检查明确，如果短小明显可以泌尿外科就诊阴茎延长术等。正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。
