新生儿巩膜发黄可以采取以下方式进行处理：
新生儿巩膜呈黄色，与新生儿生理性黄疸、病理性黄疸有关。新生儿巩膜发黄要考虑是生理性黄疸还是病理性黄疸。生理性黄疸一般发生在出生2-3天，1周后消失，早产儿2周左右。病理性黄疸通常在出生后就会出现，或者出现的比较迟，如果黄疸持续不退，或者逐渐加重，应该及时去医院做进一步的检查，确定是生理性黄疸还是病理性黄疸，找出病因，进行治疗。
可以外用药膏来进行治疗，做好保暖，可以每天用热毛巾敷，坚持进行按摩皮肤，来促进血液的循环，另外也是需要注意如果有脓液的情况，需要做好消毒，再进行抗感染治疗就行了。
黄疸是由于各种原因引起的胆红素升高，引起的皮肤或巩膜黄染，可以见于病毒性肝炎，脂肪肝，酒精肝或肝胆的结石，检查明确诊断从目前的数值看，胆红素还是有明显的升高，黄疸还没有完全消失，需要继续用点茵栀黄口服，帮助清除黄疸。
新生儿生理性黄疸一般在7-14天内出现的，一般状态良好，允乳有力，没有临床任何症状，血清胆红素都是正常的，黄疸也会随着时间慢慢减退的，甚至消失，所以生理性黄疸，这个不用担心的，再就是与病理性黄疸一定要相鉴别，出生24小时之内，黄疸持续性加重，皮肤巩膜黄染，血清胆红素超过正常值，会伴随胃肠道症状，此时一定要重视，及时去医院就诊，查明黄疸的原因，光照疗法及对症支持治疗。
新生儿黄疸有两类，一种是生理性的，一种是病理性的。
生理性黄疸一般发生于新生儿2-3天，四到六天最为显著，七到十天后，便会慢慢的消失。如果是早产儿，则会出现较长的病程，除了出现轻度食欲减退外，并无其它临床表现。
病理性黄疸一般是指在出生24小时内出现黄疸，2-3周内不消失，甚至会加重，或反复出现。
生理性黄疸无需治疗，如果出现病理性黄疸，应立即去医院做蓝光检查。另外还可以让宝宝多吃点东西，多排便，有利于缓解黄疸。