巧克力囊肿的症状有痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵。分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育和腹痛。
巧克力囊肿常伴有原发、继发不孕史或继发性痛经，或有不明原因的盆腔疼痛和性交痛等。去内诊检查，囊肿下缘有明显的触痛。腹腔镜检查是诊断最可靠的方巧克力囊肿法之一。因此可以通过有效的检查手段到专科医院明确病因后对症治疗以免延误病情。
观察流血的量及持续的时间，如果量少，持续个三四天会自止。如果量多似月经量，持续时间也似经期，那就是月经来了。注意保暖及外阴卫生就行。这种暂时性的变化一般不会持续太久的，一两个周期后就能恢复正常。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名巧克力囊肿，巧克力囊肿症状首先表现为性交痛：这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。其次是白带异常：少数会因卵巢巧克力囊肿而引发白带增多、色黄或是有异味等现象，有的时候也可出现白带夹有血丝等异常症状。
巧克力囊肿治疗以手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
巧克力囊肿可以手术治疗。术后注意个人卫生。巧克力囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢巧克力囊肿虽然是良性疾病，却有增生，浸润，转移及复发等恶性行为。
