如果是恶性的畸胎瘤就需要进行全面分期手术了。这种全面分期手术需要切除子宫、双侧的输卵管和卵巢，以及大网膜、盆腔淋巴结和腹主动脉旁淋巴结。对于年轻需要保留生育功能的病人，如果子宫和对侧的卵巢未被肿瘤侵袭可以单纯切除患侧附件。
卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。
宝宝的畸胎瘤是需要手术治疗的。手术后确定畸胎瘤的分型，然后确定是否需要后续的治疗或者是不需要治疗了。避免宝宝剧烈运动，以防发生瘤蒂扭转，或者是大出血的情况出现。
畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
畸胎瘤不是卵巢囊肿，卵巢囊肿是卵巢上有椭圆形或者是圆形的囊泡，而且囊肿内是均匀一致的液性暗区，没有其他任何异常的物质出现，而畸胎瘤是囊肿内有各种各样的组织出现，包括牙齿，头发以及脂肪组织等。而且畸胎瘤有良性的成熟畸胎瘤和恶性的未成熟畸胎瘤区别，而卵巢囊肿通常都是良性病变，基本没有恶性。