细菌尿路感染一般都是口服抗生素，如单纯性细菌性下尿路感染，可以口服喹诺酮类的抗生素、头孢类的抗生素。
通常情况下会有很好的疗效，而下尿路感染通常会用三天的时间，也就是三天内服用抗生素。但是如果是上尿路感染，那么在初期患者发烧的情况下，口服抗生素会起到一定的作用，这时可以通过静脉注射抗生素来进行治疗。患者在症状消失后，如果不发热，可以改为口服抗生素，通常需要两个星期，大约14天，这样就可以治愈疾病。
如果感觉有尿频，伴有小腹感觉不舒服，有疼痛或者腹胀的前提下，有考虑是泌尿系感染的可能，如果检查提示真菌尿路感染，因为真菌治疗起来效果并不太理想，主要是需要在医师指导下应用抗真菌药物，平时建议护理个人卫生。尿路感染是指病原体在机体内尿路中生长繁殖，侵犯尿路粘膜或组织而引起的尿路炎症。
一般如果尿细菌培养出大肠埃希菌，同时可以做药敏试验，根据敏感的试验结果选择抗生素，到医院输液治疗，并进一步检查泌尿系B超，看看是不是有慢性的膀胱炎，慢性膀胱炎，一般而言要连续输液治疗两周左右，才能彻底治愈，不然容易出现复发。
非淋菌尿路感染可以吃大环内酯类、喹诺酮类药物。
1、大环内酯类：常用的药物为红霉素肠溶片、罗红霉素分散片等，主要起到杀菌抗炎的作用，对治疗非淋菌尿路感染效果较好。
2、喹诺酮类：可以选择盐酸左氧氟沙星胶囊、盐酸环丙沙星片、诺氟沙星片等药物。该类药物有利于控制感染，缓解症状。
一般情况下，肠道埃希菌是泌尿系统中最常用的一种，如果是普通的结直肠癌埃希菌，可以使用3代头孢地尼、头孢克肟等抗炎药，5周后就可以得到缓解。但某些特定的结直肠癌菌，例如大肠杆菌产生ESBl的埃希菌，则必须选用更先进的抗菌剂。目前临床上最常见的有美罗培南、亚胺培南等，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
如果确诊是由于真菌感染引起，很有可能和本身的免疫力偏差有关系。常见的多是由于细菌感染引起的，所以这是需要用一些抗真菌的药物来治疗的。对于尿路感染常见的症状多会出现尿频，尿急尿痛的表现，属于膀胱刺激征的症状。
