有恶性肿瘤、慢性心衰、慢性呼吸衰竭、慢性肾功能衰竭、慢性肝功能衰竭、重度老年痴呆症、脑血管意外、高血压病、糖尿病、慢性病毒性肝炎、血友病、系统性红斑狼疮、帕金森病、慢性再生障碍性贫血、重性精神障碍性疾病、肺结核、儿童孤独症、完全性生长激素缺乏症、组织器官移植后抗排异治疗等。
甲减，即甲状腺机能减退症，甲状腺激素分泌量下降所致，病人可出现畏寒、无力等症状，记忆力减退等，并不是特殊病种。
随着社会经济发展和人们物质文化水平的提高，甲减越来越受到医学界的关注，并成为一种常见而又难治的内分泌代谢病。甲减并不是特殊病种，是内分泌科常见病，多发病，是一种很不错的病，只需在医生的指导下口服优甲乐，使甲状腺功能恢复正常，不会对人们生活质量造成影响，亦不会对人的寿命造成影响。
特殊病种有恶性肿瘤的放疗、化疗、镇痛治疗，肾功能衰竭病人的透析治疗，肾脏、肝脏、心脏瓣膜、造血干细胞移植术后的抗排异治疗，糖尿病，系统性红斑狼疮，高血压，冠心病，风心病，脑血管意外后遗症，支气管哮喘、慢性支气管炎伴阻塞性肺气肿、慢性肺心病，肝硬化，再生障碍性贫血，精神病，结核病，血友病，重度前列腺增生，类风湿性关节炎，帕金森病，肌萎缩侧索硬化症，骨髓增殖性疾病。
矮小症不属于特殊病种。
矮小症属于遗传因素，30%是后天因素造成的。有一些先天遗传性矮小的病理性因素，比如胎儿的染色体疾病比胎龄小，也就是说，孕妇足月足，但是孩子的身高低于同龄孩子的10%。孩子的生长素不足，或者是因为生长激素的原因，也会造成孩子的身高矮小。
建议出现矮小症的孩子积极配合医生进行治疗，增长身高。
癫痫有很多治疗方法，绝大部分选择药物治疗，但是长期服药之后，发现药物治疗从根本上解决不了癫痫，目前癫痫健康意识都有增强，癫痫病是因为大脑半球神经元细胞过度异常同步放电，而导致反复的癫痫样发作为特征的一种临床综合征。这种病症是神经内科的第二大常见的慢性疾病，是属于特殊病种。
尿毒症属特殊病种，这种病其次还有慢性肾功能衰竭，系统性红斑狼疮，地中海贫血，血友病，再生障碍性贫血，还有器官移植后抗排斥治疗这些疾病都属于特殊慢性病病种，这些病都可以上医保。
