胶囊胃镜的缺点有以下几点：
一、胶囊胃镜在部分胃肠道蠕动快时，所拍摄的照片减少，会漏掉部分的病变；
二、胶囊胃镜就能发现胃肠道的病变，但是并不能取这些组织进行活检；
三、胶囊胃镜会因为胃肠道狭窄，或胃肠道蠕动慢等情况，滞留在胃肠道内，需要行外科手术取出来。
四、胶囊胃镜属单纯筛查性检查，若怀疑小肠病变，可以做胶囊胃镜检查，但小肠病变较隐蔽，存在漏诊几率。
通常来说，胶囊胃镜不能检查肠。
胶囊胃镜通常用于检查胃部，有助于诊断胃炎、胃溃疡等疾病，不能检查肠，如果确诊为胃炎，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有胃炎宁颗粒、胃乐新胶囊、胃康灵胶囊等；如果确诊为胃溃疡，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有盐酸雷尼替丁片、兰索拉唑肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等。
胶囊胃镜检查与普通胃镜比较并不精确，易漏检病灶，患者要根据病情结合医生意见选择更合适的检查项目。
胶囊胃镜对胃部环境有较高要求，应确保胃内环境绝对清洁，制备需更加精细，经口腔吞入食道，胃中，然后用磁控或电控观察部位，通常存在不同程度病变漏诊。并找到病变组织不能用胶囊胃镜取出病理检查。再者胶囊胃镜的成本相对较高，不适用于普通家庭。
胶囊胃镜的检查费用大概在2500元-3000元左右一次，相对于普通的胃镜价格要高出很多，对于普通的胃部检查，使用电子胃镜检查，费用相对较低些。胶囊胃镜主要是用于检查小肠部位，因为小肠比较难于进行插管检查。胶囊胃镜的优势在于病人不会感到痛苦，只需服用一粒胶囊，然后医生会利用外部磁场来控制胶囊对病人进行检查。
胶囊胃镜检查几乎没有痛苦，但是造价比较高，具体内容如下：
体检的前期工作比较繁琐，要彻底的维持胃部的干净，一般都是在身体的外部进行，而磁和电子的操作很可能会忽略掉。胃的常规检查方式主要是常规的可控软式胃镜，建议患者少食多餐，避免进食可引起症状的食物，比如咖啡、茶叶、喝酒及抽烟。根据气候变化，适量增减衣被，尤其是冬季，寒冷刺激是肠痉挛的诱发因素。食物选择以清淡软烂、细嫩、含低纤维质、富有营养的食物为主。
胶囊胃镜的价格是比较的昂贵的，根据各地的消费水平的普通价格有差异，在3000元-5000元不等，具体的价格可以去当地的医院具体的咨询，可以选择无痛的胃镜，这样可以减轻恐惧感和痛苦，或者实在不想做胃镜也可以选择做个钡餐。
