可能是有关激素的合成及运输的障碍，又或者是激素脉冲释放异常，在一些因素下比如运动过量，精神压抑或者是神经性厌食，体重急剧下降等，都会导致垂体分泌的黄体生成素以及卵泡雌激素减少，有可能会影响到闭经的情况。还有就是慢性消耗性疾病也会影响到下丘脑的功能。
一旦患有下丘脑性闭经，一定要及时的治疗，目前治疗下丘脑性闭经主要的方法是，使用雌孕激素补充治疗。与精神的因素也有一定的关系，有的精神紧张，还有常常会有休息不好的情况，会引发下丘脑性闭经的，除此之外，还有肥胖，遗传的因素，不良的生活习惯，不良的饮食习惯，内分泌的因素等，都有可能引发下丘脑闭经的发生。
下丘脑闭经是因为分泌促性腺激素的功能紊乱造成的。囊卵巢综合征是一种复杂的内分泌及代谢异常所引起的。一般通过性激素6项、B超等相关的检查，根据检查的结果就容易区别，单纯以症状就比较难以区别。
下丘脑垂体闭经就是指下丘脑分泌的促性腺激素释放激素减少，导致垂体分泌的促性腺激素减少，再作用于靶器官子宫及附件，出现闭经的症状。下丘脑垂体闭经应进一步查明病因，以便针对病因治疗。
下丘脑闭经能治疗的，下丘脑垂体闭经调节不良，中西医结合效果较好。中医认为闭经过多肾精不足，冲任失调，无血可联。另外，过去甲亢、甲状腺激素分泌过多会抑制下丘脑垂体，因而FSH和LH分泌就会减少的，导致闭经、人工循环3-6个月，期间取肾补精、经经经中药治疗。注意不要吃辛辣的食物。
