先天性食管闭锁与基因、炎症、血管发育不完全等有关。
先天性食管闭锁是新生儿消化道的一种常见的发育异常，孕妇在胎儿阶段会有羊水过量，尤其是在妊娠30周以后，会有很多的问题，B超会发现，在B超上，孕妇在食管区会有一个空泡，这就是B超的作用。然而，在胚胎时期，最灵敏、最具专一性的方法就是MRI，不但没有创伤，而且更安全。
对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。手术有腹会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。肛门闭锁的患儿没有排便反射，需要术后不断训练，养成良好的排便习惯。
一般是能治好。先天性肛门闭锁症又称锁肛，无肛门症，根据类型选择不同的手术，如腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可治愈。术后如患儿腹胀消失，排气排便通畅，六小时后可进食母乳，并保持肛门清洁，每次排便后擦净污粪坐浴。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。可采用肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。
孩子食道闭锁可能没有任何症状。
如五型食道闭锁，最可能的症状是咳嗽或肺炎反复发作。一型、二型、三型、四型都可能有反复吐沫、吐泡、呛咳、肺炎的情况打算。有些孩子会在喂奶后有吐奶的情况，这些都是一种症状表现。一旦发现孩子有这些情况，要及时明确，防止病情延误，一些孩子可能会有感染加重甚至危及生命的情况发生。
胎儿食道闭锁超声检查的解释如下：
产前胎儿羊水过多是导致食道闭锁胎儿早产的重要因素，因此当羊水过多时需要及时治疗。选择在有新生儿抢救的医疗中心分娩。由于食道闭锁的胎儿出生时常有羊水吸入，所以尽可能在分娩时作好围产期的处理和呼吸道出生时的护理，减少或避免出现新生儿肺炎或羊水吸入综合征的发生。目前比较典型的超生的特征，主要就是一个胃泡的变小和消失，以及羊水过多。