牙龈囊肿的治疗原则是手术治疗。牙龈囊肿是良性肿瘤，良性肿瘤的治疗原则是手术切除，所以有了牙龈囊肿，就可以手术切除。手术方式是沿囊肿的包膜进行剥离，将囊肿完整摘除。
牙龈囊肿主要的方法是对患牙进行根管治疗。在局部麻醉下，在患牙根尖部位的黏膜上进行切开。掀开黏膜组织瓣，去除骨组织，暴露出囊肿，施行根尖周囊肿的切除术，摘除囊肿，配合根尖切除术，防止囊肿的再次复发，对位缝合黏膜。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
眼底囊肿应该注意休息，保持心情愉悦，注意用眼，特别是手机，电脑，一定要控制，多看远处，绿色的植物。多运动，比如跑步，多吃降火的食物，比如绿豆汤，去正规医院的眼科检查一下。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
