精神因素：多由精神紧张引起，如肛门直肠的神经官能症、阴部神经的症候群、坐骨神经痛以及尾骨神经痛反射至肛门而引起肛门疼痛。异物及不良饮食刺激：如外伤、直肠内异物、辛辣食物及酗酒等均可刺激肛门，而引起疼痛。肛门直肠周围感染：即肛门直肠周围脓肿、肛窦炎、肛乳头炎等，这些疾病也可造成肛门疼痛。
肛门疼痛，大便时加重，这考虑有可能是有肛裂的。可以用痔疮膏挤入肛门内进行治疗。同时忌口辛辣刺激性食物，可以吃的蔬菜水果有白菜、生菜、菠菜、豆角、西葫芦、黄瓜，便后注意及时的进行清洗预防感染，可以配合热坐浴进行治疗。
引起肛门疼痛的肛门局部疾病多见于肛裂、血栓性外痔和肛周脓肿等。对于肛裂的疼痛，首先要解决便秘的问题，可以多饮水，多吃含纤维素高的食物，如水果和蔬菜等，必要时应用润肠药物。
慢性腹泻会引起肛门痛，腹泻时肛门痛是很正常的现象，擦拭臀部时动作要轻柔，而且要用比较柔软的纸巾。有比较频繁的腹泻症状需要到医院就诊，在医生指导下查大便常规、轮状病毒、大便隐血试验、血常规、血生化等相关检查，了解是感染性疾病引起的腹泻，还是非感染性疾病引起的腹泻。
大便的时候会有疼痛，能是痔疮或者是炎症所导致的，需要进行治疗的。而且大便出血是需要去医院进行检查，确定下病因。平时要避免过于刺激性食物，养成定时排便等好习惯。可以吃富含纤维素高的水果蔬菜，如苹果、香蕉、梨、蕨菜、菜花、芹菜、菠菜、南瓜等，忌烟酒和肥腻食物。并且要多喝水，保持肠胃湿润。
腺肌症通常不会导致肛门疼痛。
腺肌症通常表现为月经不调、剧烈痛经，少数人可能表现为肛门疼痛，可能是因为痛经过于剧烈反射到肛门，从而引起肛门疼痛。腺肌症的病因表现为子宫内膜，由于一些原因进入到肌层所造成的。通常肛门疼痛的原因有很多种造成，并不一定为腺肌症，但是肛门疼痛逐渐加重和出现包块、便血等情况时，应立即去正规的大医院进行治疗。
