这两种病的病因不同，扁平疣是人体免疫力低下时受到人类乳头瘤病毒HPV3和HPV5感染引起的皮肤表面良性赘生物。而痤疮青春痘是毛囊皮脂腺的慢性炎症性皮肤病，由于毛囊皮脂腺导管被角质物堵塞，皮脂排出不畅，引起的毛囊、皮脂腺慢性炎症，以及由于原本的炎症发生继发感染引起的毛囊炎。
寻常疣和扁平疣都是由人乳头状瘤病毒感染所致皮肤病，主要区别在于表现不同。
寻常疣和扁平疣均有不同程度的临床瘙痒或烧灼反应，前者以皮肤出现大小不等的圆形或椭圆形浅表性损害为主，而后者则多表现为丘疱疹及斑块等皮损，二者的主要区别在于表现不同，寻常疣以相对凸起为特征，表面较硬、角化较明显的丘疹。
可应用药物、冷冻、电灼疗法、激光等手段治疗。
扁平疣是用激光治疗，还是用冷冻治疗，需要根据扁平疣皮损的临床表现而定。如果扁平疣疣体数量多，散在，疣体小，针头大小至绿豆大小选用激光治疗效果会比较好。如果扁平疣面积较大，有甲盖大小，甚至更大，很多扁平疣融合在一起，疣体又比较集中冷冻治疗会比较好。
孕妇怀孕时患有扁平疣，是不会遗传给孩子的，扁平疣是临床皮肤科常见的一种疾病，主要是由于身体抵抗力低感染了病毒发病的，主要通过接触传播传染，没有必要因为这个担心。可以采取激光，冷冻或手术等方法治疗，对胎儿是没有影响的。
确认扁平疣可以通过临床表现、皮肤镜等方式来判断。
1、临床表现：扁平疣主要是在脸部和手背上，它的分布范围相对较小，与皮肤的颜色相近，甚至稍暗，但随着时间的推移，其分布区域会越来越广，最终呈现为棕色和深棕色，大部分为圆形、卵形，少数患者有发痒的感觉。
2、皮肤镜：皮肤镜是一种无创性的检查方法，能够对患者的病情做出明确的判断。
