囊肿多为良性肿瘤，如果不是很大，可以做短期内观察或吃药治疗，如果是单纯的囊肿，那么需要手术切除治疗，不愿意手术也可以穿刺后加压包扎治疗。口腔上颚囊肿其它方法都没有手术治疗的效果好。
尽快到正规医院的口腔科检查确诊，如果是囊肿之类的，一定要尽早手术，也有可能是龋齿引发的瘘管之类的。平时一定要保持口腔的清洁卫生，做到早晚刷牙，饭后漱口，定期洁牙等。
可能是环境的因素，如果经常生活在一个充满二手烟的环境中，或者生活在一个充满了辐射的区域里，那么很快容易导致囊肿，也可能由基因遗传引起。也有可能是生活饮食上的不规律，也是非常容易引起囊肿。
最常见的是疱疹性的口腔炎，疱疹性口腔炎是由于疱疹病毒感染引起的成簇的水疱分布在上颚接近牙龈缘的位置。进食过烫过硬的食物的时候造成的口腔上颚的刺伤性疼痛。齿根尖周的脓肿造成的上颚疼痛。
囊肿摘除术适用于囊肿与粘膜无粘连者。囊肿切除术适用于多次复发或局部疤痕，囊肿与粘膜有粘连者。不愿意手术者，可在抽尽囊液后，向囊腔内注入2%西药0.2—0.5ml停留2～3min后再抽出碘酊，使囊肿纤维化。
