不好的胚胎一般会在怀孕的45至50天左右出现流产的情况。
如果存在女性卵泡质量不佳，或者男性精子质量异常的情况，在怀孕之后，胚胎的质量可能就不是很好。而胚胎的质量不好，就容易导致在怀孕的45至50天左右出现流产的情况。还有的的会在怀孕的8至10周左右出现胚胎停止发育的情况。所以在怀孕之后，应该定期进行产检，明确胎儿的发育情况，出现异常后积极进行治疗。
由于男性的精子提供了大部分的基因材料，如果胚胎的品质差，甚至是导致了流产，也可能是受到了男性的精子品质的影响。
以前的研究显示，精子数量、活动力、畸形率等都与精子畸形、胚胎流产无关，但最新的科学资料显示，精子DNA碎片率，即精子头上的某些基因物质的残留率，如果精子DNA碎片率达到30%以上，女性的先兆流产几率就会更高。
精子质量不好是会导致流产的。当精子质量不好的时候，受精卵的质量也是比较差的，即便是怀孕，也容易造成胚胎停育，胎儿异常而出现流产。怀孕期间除了精子质量不好，会导致胚胎停育流产之外，还有一些因素会造成流产。
流产出来的胚胎会放入专用的医疗垃圾袋里，送到专门的地方销毁。
女性在做完流产手术后，需要多注意休息，不用担心流产后的胚胎，医生会进行处理。术后一个月内不得进行性生活，保持良好心态，不要剧烈运动，可以多吃一些有营养的食物来促进身体恢复。术后15天左右就可以前往医院复查，排除宫腔内存有残留物的情况，如果有残留物，还需要再次进行清宫处理。
胚胎发育不好大部分会出现自然流产，一小部分胚胎存活下来，出现畸形胎儿。胚胎发育不好的原因主要是胚胎自身的异常，如出现染色体异常。还有一部分原因来自母体因素，如母体有内分泌异常，甲状腺功能低下或亢进，有高泌乳素血症时会出现胚胎发育不良。
