肥厚性疾病的处理相对困难，以不一定能根治为主。
肥厚性心肌病以改善症状为主，降低并发症，防止猝死的发生，其中，药物治疗为肥厚性心脏病治疗提供了依据，以流出道梗阻为治疗目标的药物包括β受体拮抗剂，非二氢吡啶类钙通道阻滞剂等。当存在心衰时需针对心衰进行药物治疗，在伴有房颤的情况下，需给予抗凝治疗。对胸闷不舒服患者，应用硝酸酯类时，应引起重视，要排除外流道梗阻，以免用了以后加重病人的病症。非药物治疗以手术为主，酒精室间隔消融术为辅，及起搏治疗，对现在的病人普遍建议酒精室间隔消融，但还需结合适应症而定。
肥厚性心肌病需根据具体病症进行治疗。
肥厚型心肌病一时之梗阻性肥厚型心肌疾病，针对该病的治疗，可以选择药物保守治疗，常用的药物有纠正心衰的药物、逆转心室重构的药物，例如β受体阻滞剂等。梗阻型肥厚性心肌疾病比较危险。因为梗阻往往会出现低血压、恶性心律失常、心绞痛等症状。如果心排血量受阻，会导致机体供血不足，脑供血不足，冠状动脉供血不足，这是非常危险的。一般都会选择无水酒精消融，这样可以减轻梗阻，从根本上治疗。
肥厚性心肌病是一类由于肌小节蛋白编码基因或遗传病因不明的，以心室非对称性肥厚为特征的心脏疾病。常用的治疗方法包括药物治疗、手术治疗，治疗时需要遵循个体化的原则，制定恰当的治疗方案。
患者可以在医生指导下使用华法林、螺内酯等药物进行治疗。也可以通过外科室间隔切除术、酒精室间隔消融术等方式进行治疗。
症状较轻者可参加轻体力工作，避免持重、屏气、剧烈运动。
肥厚性心肌病的分型方法是梗阻型、隐匿型梗阻型、无梗阻。
梗阻型是在精神放松、肌肉松弛、无劳力活动时，压力阶差超过30mmHg；第二类为隐性阻塞，在锻炼后会产生超过30mmHg的压阶差；第三种是无阻塞，任何一种情况下，都不会产生超过30mmHg的压阶差。根据梗阻的部位，可以分为四种：二尖瓣水平的梗阻、左心室中部梗阻、心尖梗阻、右心室流出道梗阻。肥厚型心肌病患者有明显的不对称心室肌肥厚现象。
对于没有明显的临床表现，没有明显的临床表现是可以不必进行治疗的，这是由于病人的生命中没有明显的表现。若病人有临床表现，并有可能是因此病所致，可以服用美托洛尔，服用美托洛尔片；若病人的病情没有好转，可以转而使用维拉帕米。同时伴有心脏功能不全的病人也可以使用呋塞米片利尿；同时出现心律不齐的情况下，可以口服氨碘酮来提高心率。
通常情况下，心尖肥厚性心肌病晚期可以通过药物、手术进行治疗。
心尖肥厚性心肌病还没有特效的药物，主要是口服倍他受体阻滞剂和血管转换酶抑制剂。药物的用量可以根据患者的血压和心跳来进行调节。倍他乐克、蒙诺等是典型的药物。到了后期，还会有心力衰竭等多种心律不齐。治疗多种并发症。可以利尿，扩张血管，增强心脏功能，缓解症状。抗心律失常的药物用于治疗各类心律失常。根据手术指征及病人的特点，选用外科手术，并将其切除。
