可以选择手术治疗，将病变切除，在局部麻醉下就可以进行。选择梭形的切口或者沿病变长轴的切口，仔细分离皮下组织和囊肿的周围，尽量避免碰破囊肿，因为有一部分病人可能合并有液化，会导致局部的污染，尽量将病变的完整切除。
考虑这种症状应该是一种腘窝囊肿。如果是腘窝囊肿的话，这也是一种腱鞘囊肿，比较严重的情况，会影响到病患的膝关节活动，建议尽快到当地的三级甲等公立医院的骨科门诊，尽量考虑门诊手术治疗。如果情况不是特别严重，可以采用粘贴膏药的方法进行治疗。
描述的事情可以判断，如果是位于皮肤表面的普通囊肿，那考虑是属于皮脂腺囊肿，这可以采用外部等我一般治疗。如使用硫黄皂清洗，另外可以用痤疮膏涂抹患处，这些都有助于恢复正常。如果反复的出现囊肿且伴有感染引起疼痛和红肿的话，应及时的去医院进行检查，这是可以进行切除的，而如果处于皮肤里面的囊肿，囊肿比较小的话不影响健康，可以不用治疗，继续观察就可以了，如果囊肿比较大的话可以进行手术切除。
腋窝皮下囊肿吃药能消。服用抗生素药物如红霉素、米诺环素等。在中医方面，可用中药藏红花、乳香、没药、穿山甲等做成的贴剂，贴在患处，并吃一些清热解毒、活血化瘀、消肿溃坚的中草药。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。
