主要以局部治疗为主，需要使用漱口液漱口，保持口腔卫生，应用各种中药成分的含片，起到清咽利嗓的作用。可以多食用新鲜的蔬菜、水果，因为富含有维生素，有利于病情的恢复。经过药物治疗效果欠佳的可以选择手术治疗，一般都会是微创的治疗方法，比如等离子、微波等。手术后可能会存在瘢痕组织造成异物感加重，一般在一个月左右能够逐渐的恢复。
咽喉炎患者通常会并发咽喉淋巴滤泡增生，而咽部淋巴滤泡是一个正常的淋巴组织，其通过分泌抗体来增加人体抵抗力。因此，轻度的淋巴组织增生无需治疗。但重度淋巴增生会给患者带来梗阻感，这时可以考虑通过手术方式切除病变的淋巴组织。
滤泡性咽喉炎不会致癌，滤泡性咽炎是慢性咽炎其中一种较常见的分类。滤泡性咽炎属于临床分类，因在临床检查患者时，会看到咽后壁有很多散在的淋巴滤泡形成，所以被称为滤泡性咽炎，其实它就是慢性咽炎。
可以不进行特殊的治疗。可以吃清热解毒的中成药，吃含片，比如一清胶囊、西瓜霜含片等就可以满足需要。对特别肥大引起咽喉异物感，特别不舒服的，可以有创性的治疗，比如等离子消融、微波烧灼等方法，使淋巴滤泡的变小、变平坦。但是这并不是每一个病人都适合，而且每一次治疗的时候都要有选择性的，并不是把所有的滤泡全部的消融掉，或者全部烧灼；一般是选择3-5个进行烧灼治疗，或者有创性的治疗、消融治疗等。
可用冷冻、微波处理，但范围不宜过广以免引起黏膜萎缩。治疗时需去除病因，限酒戒烟，避免粉尘及有害气体刺激。积极治疗慢性炎症，如治疗鼻炎、鼻咽炎等，局部可口服相关口服药。