阴茎痛分为非勃起状况下疼痛、勃起状况下疼痛。如果在非勃起状况下疼痛，可能是膀胱炎、尿道炎引起的，也可能是尿道有结石刺激阴茎引起疼痛，最明显的主要是尿道口有明显的放射样疼痛，也可能是由包皮嵌顿导致静脉回流障碍。对于勃起状况下疼痛，绝大多数是阴茎异常勃起，导致整个静脉回流障碍，甚至有血栓形成。
排尿时疼痛是尿路感染的可能性，检查是否有其他伴随症状，如尿频次增多、小腹疼痛、腰痛及有无发热等。到医院行尿液常规检查或尿培养检查明确诊断，可以根据检查结果，选择抗生素或其他治疗。
可能是尿道局部的炎症导致可能性比较大，这个时候如果有分泌物的情况，可以去做个分泌物的检查，平时多喝水，多排尿，必要的时候，口服一点药物治疗，比如说，消炎，改善循环的药物治疗。
如果是出现腰痛并且出现绞痛，应该是腰椎间盘突出压迫到神经以后而引起的绞痛，需要检查出到底是哪个地方出现了疼痛，来确定腰椎间盘突出的部位，所以需要去医院进行治疗，一般需要牵引或者是封闭注射，以及做手术。
龟头痛尿痛是包皮龟头炎引起龟头刺痛。初起时局部潮红，阴茎的皮肤发红、肿胀，自觉龟头有灼热和龟头的感觉。翻开包皮内面及龟头充血糜烂，有渗液，甚至于出血。继发感染后可见小溃疡，有恶臭的乳白色脓性分泌物。
