通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
部分先天性扁平足需要治疗。
对于一些先天的扁平足，可以终生不会有平足病的出现。但在临床上，更多的是平足病，是先天的扁平足，是后天形成的。因此，此病要从防治入手，积极提高足跟韧带强度，加强张力锻炼，防止患上平足病。有些病人可以通过外科手术来达到恢复部分的脚弓度。先天性扁平足需要治疗的患者可以及时前往正规医院，在医生指导下通过手术进行治疗。
通常情况下，先天性胎儿有心室间隔缺损，一般会在一年之内自动关闭。具体内容如下：
但是如不能自己封闭，或是单纯的二孔导致先天性心脏缺损，应做外科治疗，4~5岁是最好的选择。尽早进行外科治疗，可以避免肺部的循环阻力增高，避免右心功能衰竭。此外，宝宝还需要进行一次心脏的超声检测。如果没有明显的扩大，或者低于6mm，可以不做手术。患儿要饮食清淡，多食新鲜蔬菜、水果，补充维生素，提高身体免疫力。营造舒适、安静的休息环境，定期通风，保持室内空气新鲜，避免上呼吸道感染。
可以坐浴，采取手术治疗，以手术修补缺损，消灭薄弱区。脱肛是因直肠前壁、直肠阴道间隔和阴道后壁薄弱，向前突入阴道穹隆，改变了排便时腹内压作用的方向，导致排便过程中出来直肠肛管功能性梗阻，并由此引起排便困难和便秘等症状。
先天性脊膜膨出症一般需要通过外科手术进行治疗。
对于先天性脊膜膨出症，一般都是通过显微神经外科手术来进行治疗的。手术中需将突出的硬脊膜囊取出，松开与神经根之间的粘连，并将其缝合起来，以使椎管保持正常的解剖学结构，避免其进一步恶化。一般认为，在患儿出生后，在病情允许的前提下，应尽快采取手术，避免患儿的神经损伤进一步恶化，严重时可危及患儿的生命。如果脊膜囊肿得不到及时有效的治疗，尤其是伴有脊髓囊肿的患者，儿童在1-2年内的死亡率是很高的，因此应引起充分重视。
在确诊后，家长应保持良好的心态，不要过度焦虑、自责，要积极接受治疗。
先天性脊柱畸形可以通过坐姿、佩戴矫形支具、外科矫形改善，建议患者积极治疗，具体分析如下：
先天性脊柱畸形有两种类型，一种是姿势性的，另一种是结构性的。坐姿、佩戴矫形支具、定期复查可以改善姿势性先天性脊柱畸形，如果在这个过程中畸形加重或矫形不满意，可以进行外科矫形。结构性先天性脊柱畸形指的是先天性椎体发育不良，比如楔形椎、半椎体，或者是未知的脊柱畸形，不能用支架来矫正，需通过手术治疗。
