一般情况下，新生儿便秘可以采用以下方式进行治疗：
如果新生儿大便的时候大便比较干或者比较硬，可能会导致便秘。新生儿母乳摄取不足会导致大便次数下降，通过提高新生儿乳汁的摄取来达到正常的排便效果。当新生儿的奶水摄取足够多，体重增加后，如果有大便延迟，可以通过肛周的刺激来促进新生儿的排便反应，从而达到排便的目的。
新生儿便秘有胃肠功能紊乱，消化不良的情况。可以任选一种给孩子服用一周以上时间看看效果。平时可以多用温水毛巾给孩子揉揉肚子促进消化，目前这个可以临时给孩子吃药通便。
如果是母乳喂养，有可能因为妈妈饮食不好，所提供的奶水不好消化导致宝宝吐奶。如果是奶粉喂养，有可能牛奶蛋白不容易消化导致宝宝吐奶。可以换一种奶粉进行使用，还有就是在喂完奶之后一定要拍一下孩子背部，不要横着抱，这样会导致呕奶的一些情况发生。
新生儿便秘主要是由于消化吸收功能发育不全和胃肠道肠蠕动减弱造成的。应该给婴儿一些温水。纯母乳喂养孩子的母亲应该注意多吃新鲜蔬菜和水果，以促进胃肠蠕动。如果大便不超过一周，婴儿一般不需要服药。
新生儿奶量摄入不足时可出现排便次数减少，增加新生儿奶量摄入即可恢复正常排便，由于属于新生儿这种不通便的情况，还不排除有先天性巨结肠的可能性。如果孩子一直没有大便，必要的时候是需要去正规医院的新生儿科检查。
宝宝便秘是一种常见现象，发病原因与喂养不当，奶粉喂养，或宝宝胃肠功能蠕动缓慢有关系，便秘的不良后果有很多，最直接的后果就是肛裂，可引起便后滴鲜血，肛周疼痛。孩子在便后疼痛，就不愿意排便，加重便秘，常伴有食欲不振，因而导致营养不良，精神萎靡，肠道功能紊乱。