肛肠镜检一般不会引起疼痛，但会有下腹部及肛门处胀胀的感觉病人可以耐受。镜检时会在肛门镜外壁涂抹石蜡油起到润滑的作用，方便镜子进入肛门。但如果肛门有病变，如肛裂、肛周脓肿、外痔及内痔炎症感染时，肛门镜检会因肛门镜摩擦病灶而出现疼痛不适。尤其是肛裂病人疼痛剧烈，原则上该类不予肛门镜检。
不麻醉会有一定的疼痛感，如果紧张可以选择在麻醉状态下做。膀胱镜检查是将膀胱镜经尿道插入膀胱，以直接观察膀胱和尿道内病变的检查方法。手术中，需要放松心情，女性病人和用扩阴器做妇检一样，镜头可沿着尿道的生理弯曲度自然地进入，观察膀胱各个部位的病变从而进行检查。
超声胃镜检查会有痛苦的，做超声胃镜通常状况下不是太痛苦，疼痛感是常人都可以忍受得住的，超声胃镜是先进的集超声波和内镜检查为一体的检查设备，可以仔细地查到身体不正常变化，是需要插管的。
做气管镜检查的时候，会有一定的不适感，但是，针对这种不舒服的感觉可以采取局部麻醉，使声门及会厌部的不舒适感减退，如果仍无法耐受时，也可采取全身麻醉后再做气管镜检查。
有一定的痛苦，但都可以忍受，超声胃镜是指将普通胃镜和超声相结合的消化道检查技术，以此可以获得胃肠道的层次结构、组织学特征及周围邻近脏器的超声图像，从而进一步提高胃镜和超声的诊断水平。
