肛瘘的治疗方法，只有通过手术术后肛瘘的恢复时间，主要按术前肛瘘是低位单纯性肛瘘还是高位复杂性肛瘘来决定一般低位单纯性肛瘘两周左右伤口就能长好，而高位复杂性肛瘘，因为跨越了括约肌，并且伤口的深度较深，引流不畅，手术的恢复时间可能需要20天甚至一个月。并且肛瘘术后的换药的重要性和手术相比也同等重要。
通常手术治疗。肛瘘是常见的直肠肛管疾病之一，任何年纪皆可发生，特别常见于青壮年男性。肛瘘不能自愈。医治原则是将瘘管切开，导致敞开的创面，促使愈合。手术办法好多，手术时应依据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系。
肛瘘是无法自愈的，只能通过手术治疗，一般在腰硬联合麻醉下，做肛瘘切除手术或者是肛瘘挂线手术。挂线治疗的一般在两周左右脱线，伤口一般在术后一个月左右完全恢复。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素，平时应该多运动，增强体质，有利于提高自身免疫力。
肛瘘手术后应该吃容易消化的食物，多吃含纤维，比较多的食物，保持大便通畅。不吃辛辣刺激性食物，多吃蔬菜水果。同时应该避免久坐受凉。可以减少肛瘘的复发，注意休息和锻炼身体，保持心情愉快。
肛瘘手术只能是西医手术清理漏道引流干净后才能缝合的。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。也可以手术后中药调理。
