发热，呕吐，腹泻，过敏，精神反应差，针眼周围红肿感染等不良反应，其中最常见的不良反应是发热，多见于低热，一般予以物理降温，多喝点水就行，如果精神反应好，无需其他特殊处理。
一般情况下，流脑疫苗主要是预防儿童患有流行性脑脊髓膜炎，具体内容如下：
小儿患有脑膜炎双球菌，可导致小儿脑部发炎，进而造成小儿高烧、嗜睡、痉挛，严重影响脑功能。脑膜炎对孩子的伤害是很大的，有的还会导致孩子的智商下降，或者导致瘫痪。因此，在临床上，防止脑膜炎的发病是很重要的，因为流脑疫苗可以使孩子们对脑膜炎双球菌产生抗体，从而防止流行性脑膜炎的出现。
接种该疫苗后，无严重的局部反应和全身反应。个别儿童接种后，局部出现红晕、轻微疼痛难受1-2天。全身反应有低热，3%的受种者可出现超过38.5℃的发热。偶有过敏性反应。大多数接种者在接种后10—24小时出现，1-2天自行恢复。
打流脑疫苗后的反应，是在接种后24小时之内，在注射部位可出现疼痛和触痛，注射局部有红肿，多数下2到3天自行消失。有的宝宝打疫苗后可出现一过性发热反应。大多数为轻度发热反应，持续1到2天后可自行缓解。
孩子打了预防针流脑疫苗发烧是疫苗引起的副作用，在体温超过38.5度的情况下可以给孩子服用些退烧的药物，并配合使用退热贴退热治疗，治疗期间多给孩子补充水分，两天时间会自行消失，无需担心。
疫苗刚刚注射，对血常规会有影响，只是这种情况建议过几天再复查一次。流脑疫苗容易引起发热，如果没有这种情况可以的，另外就是血液系统的疾病，建议到血液科进一步检查。
