首先进行麻醉，其次，麻醉以后经尿道插入输尿管硬镜，然后在输尿管内放入一根导丝，顺着导丝放入输尿管外鞘。再将输尿管软镜放入外鞘内进行检查，找到结石，并用激光将结石击碎。
输尿管镜碎石术，是利用一条直径3mm左右的细镜，经过尿道、膀胱插入输尿管，将输尿管结石或肾脏结石击碎取出。利用人体天然的泌尿系统腔道，不在身体上做任何切口，是一种纯粹的泌尿外科腔镜微创手术。
如果是输尿管下段的结石，体积小于1cm以下，一次体外冲击波碎石以后，大约3-5天左右结石就可排出，最长不超过1周。但是输尿管上段的结石，可能需要5-7天左右，最长可延长至10天左右才可排出。
有些可能是碎石之后，比较小的结石一两天就排完了。有些可能要十天，甚至半个月或者半个月以上，才可能排完石。当然也有一部分人存在输尿管狭窄的原因，即使碎了石，也不能完全排出。往往就需要进行手术，来辅助排石。
放双J管，可以起到引流的作用，也可以避免输尿管发生狭窄。还有一些细小颗粒样的结石，可以通过双J管自行排出。在排石过程中，可能因为上尿路有梗阻而引起疼痛，双J管还可使疼痛减轻。
输尿管软镜是治疗肾结石以及输尿管上段结石重要的手术方式，输尿管软镜手术一般需要预先放置双J管1-2周，具体手术步骤，麻醉生效后摆膀胱截石位，输尿管硬镜直视下进入膀胱，拔出预先留置的双J管，输尿管内放置斑马导丝，退出硬镜。在导丝引导下放入输尿管软镜鞘至肾盂，拔出鞘芯，通过外鞘放入输尿管软镜至肾盂，探查肾脏各盏，找到结石后用钬激光碎石，退出软镜以及外鞘，放置双J管，保留导尿，手术结束。