一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
两岁宝宝发烧39℃可以口服布洛芬或对乙酰氨基酚等退热药，同时补充液体量，多喝温热水。
除此之外，家长也可以给宝宝做物理降温，用温水擦拭颈部，腋下，腹股沟等大血管走行的部位能够帮助退烧，同时可以贴退热贴，但是不建议给孩子用酒精擦拭退热，因为酒精可以通过皮肤吸收，影响孩子对抗生素的使用同时，酒精吸收以后会对孩子的肝脏和肾脏产生毒性作用。
两岁半小孩发烧到39摄氏度，属于高烧的情况，可以通过以下方法进行治疗：
首先，家长需要给宝宝口服退热药，降低高烧的持续时间，如小儿柴胡口服液、对乙酰氨基酚、布洛芬等。家长也要注意用药时间的间隔，不可短时间内重复使用。如果小孩的高热持续不退，就需要到医院就诊，查明发烧的原因后，再对症进行治疗。
持续的高热容易引起小儿高热惊厥，家长一定要引起高重视。
体温39度属于中度发热，发热多是感染性的，可由于细菌，病毒等感染引起，如果没有退烧药可以采取物理降温疗法使体温恢复正常，如用湿毛巾湿敷额头，颈前腋下，腹股沟等处，也可以外用退热贴治疗。在平常的时候注意孩子保暖，多饮水，定时检查体温情况，并应该查明发热的病因对因治疗。
一般情况下，两岁孩子发烧38.5℃，这种情况通常属于中度发热，家长需要及时给其进行降温。常用的方法有物理降温法，如用湿毛巾热敷孩子的额头，或者擦拭孩子的腋窝、股沟等部位，可以起到降温的作用。也可以在医生指导下使用退热贴或者退热栓剂等药物进行治疗，有利于控制病情，促进孩子身体的恢复。治疗期间应适量给孩子喝热水。
两岁孩子发烧40度，属于高热，这种体温很危险，可以服用布洛芬、对乙酰氨基酚等退热药物，同时要多喝热水，服用退热药物后可以用温水擦拭额头、腋窝、腹股沟、肘弯等大血管经过的地方。
儿童出现鼻塞、流鼻涕、打喷嚏、咳嗽等症状时，可以考虑是呼吸道感染，可以口服小儿双金退热口服液、去感热口服液等清热解毒的药物。