耳廓畸形的病因尚不十分明确，未能发现特殊的确定致病因素，从环境和遗传方面的研究都表明有多种因素可能会导致畸形的发生。
除了遗传因素外，环境因素，包括生物、理化和心理因素也可能会导致耳廓畸形：
1、孕初期感染致病性病毒：包括感冒病毒、水痘带状疱疹病毒等。
2、母亲患免疫性疾病和糖尿病。
3、辐射及环境污染。
4、化学因素：怀孕早期使用激素类、磺胺类、部分中草药、抗病毒类药物、庆大霉素、链霉素、四环素、白霉素等抗生素。
5、孕期经常接触烟酒也是易感因素。
6、怀孕初期受到精神刺激也是诱发因素之一。
一般情况下，新生儿耳廓畸形可能是由于某些原因，阻碍胎儿的生长，从而造成身体的缺陷。具体分析如下：
第1鳃弓的生长率为15%，第二鳃弓为85%，胎儿1、2鳃弓的发育异常可导致外耳畸形，例如：小耳、招风耳、杯状、副耳等。当只有局部的软骨索条或突出的时候，往往伴随着外耳道的关闭和耳腔的异常，则必须进行外科治疗。耳朵外形不对劲，其它情况都是可以做的。
婴儿的耳朵出现有畸形，在孩子逐渐长大的时候，可以去正规医院美容科来进行校正。手术后，一般是要加强营养，多吃蛋白质含量比较高的食品来补充人体的蛋白质，促进伤口的恢复。
耳廓畸形需要手术治疗，为了不影响孩子的身心健康，手术应尽量争取在学龄前完成，婴儿耳廓畸形的种类有杯形耳、耳轮畸形、矫正治疗、治疗时间是两周左右，宝宝耳廓畸形好的治疗时间是出生后7-30天。
耳朵矫正费用是不固定的，不同耳朵情况矫正方式不一样，价格也不一样。例如隐耳，需要靠Z字成形+软骨塑形来矫正，轻度杯状耳可以通过软骨管法 +耳轮软骨舒展等方法来矫正。而耳朵结构缺失较多，则要分三次进行耳重造手术来矫正，那么费用也会有所差距。
除此之外，不同的医院性质，地区经济水平等，都会影响收费标准。可以去医院整形外科找专业医生进行问诊，在医生给出个性化的治疗方案以后，再确定费用。
耳朵畸形的手术费用。要看地区经济发展水平的差异，经济发达的地区手术费用要贵一点，经济欠发达的地区或不发达的地区，手术费用以及相关的费用都要低一点。耳朵畸形的程度或哪个部位畸形。比如耳廓畸形，耳廓畸形有杯状耳、招风耳，相对费用低一点。
