新生儿的消化道畸形主要是先天性肠狭窄和先天性肠闭锁，这种情况一般都是通过外科手术来治疗的。
外科治疗的原则就是要清除狭窄，按照狭窄的类型，可以分为肠腔狭窄和膜状狭窄，有些是因为肠外肿瘤压迫造成的。如有肝外压迫，应先排除压迫。如果有肠管狭窄，需要先切除肠管，再进行肠腔吻合。
建议在治疗期间多给新生儿补充营养，尽量母乳喂养。
通常情况下，先天性食管狭窄会有食物反流、进食呛咳等症状表现。
1、食物反流：儿童在进食后出现反流、吞咽困难、进食困难、吞咽困难等现象。
2、进食呛咳：先天性食管狭窄常伴有进乳呛咳、吸乳缓慢、溢乳等，随着年龄的增加，会逐渐发生食管阻塞。儿童通常会出现生长缓慢、发育迟缓的现象。儿童的吸入性肺炎发病率随著年龄的增加而增加。
泪道狭窄是指发生在泪点、泪小管、泪囊与鼻泪管交界处以及鼻泪管下口的器质性狭窄。婴儿先天性泪道狭窄是先天畸形导致的，主要症状眼屎增多、流泪、皮肤瘙痒等症状，一般不会球结膜充血，即白眼球发红的情况。建议家长及时带宝宝去医院检查，以防对眼睛造成更大的损伤。同时如果是母乳喂养，家长需要控制饮食习惯，少吃辛辣刺激的食物，以免通过乳汁影响到宝宝。
一般情况下，先天性肠狭窄可能是胚胎期发育异常、血液循环障碍等原因引起的。具体内容如下：
1.胚胎期发育异常：如果胚胎发育阶段肠空化不全，可能会导致先天性肠狭窄
2.血液循环障碍：如果妊娠后期，胎儿发生肠扭转、肠套叠、索带样肠粘连或者脐环收缩过速等问题，影响某段小肠血运障碍，使肠管发生坏死或萎缩，也可能导致先天性肠狭窄。
一般情况下，先天性食道狭窄通过介入治疗的方式来治疗通常是能好的。具体内容如下：
微食道管壁畸形或结构异常等原因可能会导致患者出现先天性食道狭窄的情况，通常情况下，如果患者可以及时前往正规医院，在医生指导下通过介入治疗的方式来治疗，并且术后积极做好护理工作，那么通常是可以治好的。患者术后要注意休息，少说话，饮食宜清淡、软烂，禁吃坚硬、辛辣的食物。
先天性幽门狭窄可通过以下几种途径进行治疗：
第1种，手术治疗。手术切除对先天性幽门狭窄的疗效最好，应用也最为广泛。可进行幽门肌切开术。又因为先天性幽门狭窄属先天性消化道畸形。用药达不到疗效。
第2种，可通过日常饮食调节的方法治疗。但因此种疗法治疗过程较长，且疗效不如手术治疗好，故不是优先选择的方法。
