治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
平时注重饮食就可以了，荤素搭配，饮食多样化。多吃新鲜的蔬菜和水果忌辛辣刺激性的食物。定期复查，做到有情况早发现。不建议使用蜂蜜及花粉等。平时加强体育锻炼，生活有规律。有情况及时就诊。
巧克力囊肿可以吃鸡蛋。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到了卵巢，是不影响正常的进食的，鸡蛋可以补充蛋白质，有利于组织的修复，可以养心安神，滋阴润燥，对病情是很好的，但是如果有腹泻，发热的症状就不能吃了。对巧克力囊肿也没有直接的不良作用。
做完巧克力囊肿手术后要注意：首先是按照医生说的按时吃用药物，定期复查肝功能，生活上要注意好好休息一个月，一个月内不能性生活，不能盆浴，不能游泳。不要吃冷冻的食物，不要抽烟喝酒，饮食生活规律，多吃蔬菜水果，适当的吃鱼肉蛋，不要吃用刺激性的食品，少喝咖啡和浓茶等饮料。
如果做手术的时候保留了卵巢，就有可能会出现长的。巧克力囊肿之所以出现，是子宫内膜异位造成的。如果囊肿大于五厘米，就容易发生扭转，破裂或者感染，那就需要手术治疗了。
应该多吃抗囊肿的食物，鲎，海马，龙珠茶，山楂，囊肿出血的应该多吃羊血，螺狮，淡菜，乌贼，荠菜，藕，蘑菇，马兰头，石耳，榧子，柿饼。已经感染的应该吃鳗鱼，文蛤，水蛇，针鱼，鲤鱼，麒麟菜，芹菜，芝麻，荞麦，油菜，香椿，赤豆，绿豆。
