扁平疣治疗上可以用物理疗法或药物疗法、中医中药疗法等。物理治疗主要选用液氮冷冻和激光治疗、疣组织包埋疗法。中医中药疗法有耳后放血法、火针法、穴位注射法等。药物治疗可以服用增强免疫的药物，因为扁平疣多发生于免疫力低下人群，免疫力增强后，有自身清除病毒的可能，扁平疣是有自愈性的。
一般情况下，扁平疣可以通过药物治疗、手术治疗等方式进行改善，具体内容如下：
扁平疣是一种病毒感染，所以很难根治，所以其复发的原因很多。可以从下面的步骤开始。去除肉眼可见的疣体，常用的方法有：维甲酸软膏、干扰素软膏、激光、液氮冷冻等。患者还可以使用胸腺肽肠溶胶囊、转移因子胶囊等药物，以增强免疫力。另外，患者要有规律的作息，绝对不要喝酒，不要食用辛辣和刺激性食物。
扁平疣，在中医学中称“扁瘊”，它的病原体和寻常疣一样，都是人乳头瘤病毒，但是病毒亚型不同。扁平疣好发于青少年，又称青年扁平疣。多发于颜面、手背及前臂等处，表现为正常皮色或浅褐色，约2-4毫米直径或稍大的圆形、椭圆形或多角形扁平丘疹，表面光滑，境界明显。一般无自觉症状或偶有微痒。
做完激光之后有可能还会导致皮肤出现轻微的疼痛感、发红发热等一些不良的反应，一周左右应该可以恢复到正常的皮肤一样，但是要避免摩擦局部的皮肤，防止出现损伤，这个时候的皮肤是比较薄弱的。
扁平疣是一种人乳头状瘤细菌。因此，如果患有扁平疣，要吃一些能清热解毒的食物。不要吃辛辣刺激的食物。对于已经形成的扁平疣，可以通过激光手术治疗。治疗后，必须注意皮肤护理。不要碰水。不要刺激皮肤，一般1-2周后会缓解。也要保证充足的睡眠，不熬夜，适当运动，提高身体免疫力。避免过度劳累。
