发病部位不同，咽炎是由于咽部和其喉部的咽黏膜及其淋巴组织异常导致的。扁桃体炎常出现在扁桃体的隐窝、实质等处。临床表现不同，咽炎与扁桃体炎均有急慢性之分，成年人群常患急性咽炎，有咽干发热、疼痛等症状。而扁桃体发炎时，则扁桃体会充血、肿大，严重时会有黄白色脓点。咽炎患者还会出现咽壁黏膜水肿，明显区别是患有扁桃体炎会引起发烧，而咽炎患者不会出现这种现象。
咽炎是发生在咽部的无菌性炎症，而扁桃体炎是发生在扁桃体的炎症感染，通常是细菌感染引起的，而且累及双侧扁桃体。临床表现也有所区别，慢性咽炎会出现咽部异物感、刺激性咳嗽、嗓子干痒不适，扁桃体发炎期间也会出现咽部异物感，但很少出现嗓子干痒的现象。扁桃体发炎的病人可能会出现体温升高，特别是儿童，而慢性咽炎不会出现体温升高。
如果咽炎表现为咽部黏膜的炎症，扁桃体炎表现为扁桃体本身局部炎症。咽炎通常伴有全身症状比较少，一般都是局部的咽痛、吞咽疼痛感。扁桃体炎首先会引起全身高烧，同时伴有全身不适感疼痛，精神萎靡、疲倦。
咽炎通常伴有全身症状比较少，一般都是局部的咽痛、吞咽疼痛感，扁桃体炎首先会引起全身高烧，同时伴有全身不适感疼痛，精神萎靡、疲倦。同时局部疼痛得更剧烈，同时伴有吞咽困难，还有吞咽疼痛更明确。
应该双管齐下，尽早使用针对性疗法分别治疗两种病情，以使身体尽快恢复。可以口服或者肌肉注射药物来控制咽痛，并且还可以含漱复方硼砂溶液，这对于减轻咽喉部位的不适感有很大的帮助。并且还可以使用药物涂擦咽壁以及扁桃体部位，这样能够促进炎症的消退，并且还可以起到收敛保护的作用。如果炎症已经侵袭了喉部和气管，还应该使用药物进行抗感染治疗，以尽快的控制病情。
可以从喉咙红肿、咳嗽有无痰、发病时间、发病病位来判断。喉咙红肿的是咽炎，咽喉后壁增生的大多是抽动症，咽炎导致喉部的分泌物增多，会咳嗽痰多，抽动症多是肌肉痉挛，干咳清嗓居多，短时间的是咽炎，基本时间为一月以内，清嗓时间超过一个月以上考虑抽动，咽炎的病变部位在咽喉，病因归肺，抽动症病位是不定的，可以在咽喉、也可以在四肢等。咽炎要特别注意少吃辛辣刺激性食物，不抽烟不喝酒减少对咽部黏膜的刺激，多喝茶，抽动症要注意避免情绪紧张，不当饮食。
