卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。
有畸胎瘤，一定要先去做手术切除畸胎瘤，然后再半年后才可以怀孕的，如果在此时没有畸胎瘤的情况下怀孕，对胎儿是有影响的，女性在平时一定要注意个人卫生，穿宽松棉质的内裤，不要穿紧身裤，内裤在太阳底下暴晒，不要穿紧身裤，不要清洗阴道，月经期间注意腹部保暖，避免着凉。
巧克力囊肿和畸胎瘤的方法主要是手术治疗！区分两者，其实通过CT扫描往往可以鉴别！典型的畸胎瘤具有三胚层组织，比如脂肪、牙齿、骨骼、毛发、肌肉等，如果CT显示病变内有组织成分，即可确诊为畸胎瘤。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，囊肿内往往存在出血，所以CT扫描主要以囊性病灶为主要表现，并且囊内的密度可以比较高，但是没有畸胎瘤的各种组织成分，所以鉴别不成问题的。
畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
畸胎瘤不是卵巢囊肿，卵巢囊肿是卵巢上有椭圆形或者是圆形的囊泡，而且囊肿内是均匀一致的液性暗区，没有其他任何异常的物质出现，而畸胎瘤是囊肿内有各种各样的组织出现，包括牙齿，头发以及脂肪组织等。而且畸胎瘤有良性的成熟畸胎瘤和恶性的未成熟畸胎瘤区别，而卵巢囊肿通常都是良性病变，基本没有恶性。
卵巢内有畸胎瘤的话会影响到卵巢的正常功能，如月经紊乱等，盆腔内有积液，影响女性正常排卵，很难怀孕，或者流产可能性大。所以一般卵巢畸胎瘤可以进行手术切除，良性肿瘤一旦切除复发的可能性很小，切除后月经恢复正常，排卵期正常。可进行超声检查，可以知道子宫内膜厚度是否恢复到月经来潮的厚度，盆腔内积液是否减少，如果有明显改善，再调理一段时间，就可恢复到正常排卵了，不久就可以怀孕了。
