自身免疫性肝病确诊需要根据症状、检查结果。
患者出现黄疸、食欲下降、疲劳、腹痛、瘙痒等症状，应及时就医。医生首先会对患者进行体格检查，之后可能会建议其进行血生化、免疫学检查、腹部超声、磁共振胰胆管造影、病理组织学活检等，进一步明确诊断。
确诊自身免疫性肝病后患者需要使用皮质类固醇和硫唑嘌呤等药物治疗、肝移植手术等。
一般免疫性肝炎最主要的诊断标准就是活检。包括肝脏的炎症，高球蛋白血症加自身抗体阳性一般都是可以确诊的。主要包括肝脏有损伤，血液当中有高球蛋白血症，球蛋白，其实就是免疫球蛋白，免疫性因素导致的这种抗体阳性。
确诊是不是免疫性肝炎症状初期可以抽血查免疫八项，进一步可以做肝脏穿刺，肝组织活检等。自身免疫性肝炎认为发病与本身有先天性遗传缺陷有关，一些病原体进入体内，刺激机体产生相应抗体，引起肝细胞破坏，导致肝功能损伤。
主要表现有精神症状、认知障碍、运动障碍和癫痫。自身免疫性脑炎，是一组因免疫系统紊乱，由体液免疫或/和细胞免疫为主介导的中枢神经系统自身免疫性疾病。平时应该控制饮食。
免疫性脑炎是一种与自身免疫机制有关的脑炎。临床常见的症状有精神行为的异常、癫痫发作、智能记忆障碍等，这类疾病多见于青少年和儿童，是一种比较罕见的病种。治疗主要是免疫治疗和康复支持治疗。免疫治疗主要是糖皮质激素、静注丙种免疫球蛋白，还有血浆置换。另外主要的治疗也要控制癫痫发作，必要的时候可以服用抗精神病药物控制精神病性症状。恢复期大约需要3个月至半年以上。
循环性自身抗体是诊断AIH的一个主要标准。90%的AIH病人血清中至少存在一种抗下列抗原的自身抗体：抗可溶性肝抗原/肝胰抗原(SLA/LP)、细胞核、平滑肌(SMA)、肝肾微粒体(LKM-1)、肝溶质抗原1型(LC-1)和粒细胞浆(ANCA)。在诊断AIH时，还应抗线粒体抗体(AMA)以排除原发性胆汁性肝硬化(PBC)。
