小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
一般情况下，新生儿腹泻可以采用以下方式进行治疗：
出生后28天以内的婴儿称为新生儿。在这个时期，新生儿对感染的抵抗力很弱，容易受到感染。如果发现新生儿腹泻的症状，要马上去正规的医疗机构就医。如果有感染的可能，需要入院，给予抗感染的药物，同时补充水分、糖分、电解质等，以避免进一步的炎症蔓延，最终导致脓毒血症。若新生儿出现轻微的腹泻，需要进行动态的监测，可以服用蒙脱石散来起到防护作用，还可以服用一些常用的肠道益生菌药进行治疗。
出现的腹泻及呕吐首先不能排除是肠胃炎的症状引起的，如果宝宝是母乳喂养很有可能与妈妈有关系的，如果妈妈期间生病，吃了药或者吃了辛辣等食物也会引起宝宝出现腹泻，呕吐等表现的，需要及时带宝宝就医先做个大便常规检查看看。
虚寒腹泻通常仍可用药，经常使用的药是妈咪爱，培匪康也有丽珠肠乐之类的口服。还可以使用蒙石脱散、乳酸菌素片、乳酸菌素颗粒、肠炎宁片等，可以缓解身体不适。
小儿腹泻按其病因分为感染性与非感染性2类，它是一种以腹泻为主要表现的多因素、多病原所致的临床综合征，平时应注意保暖以免感冒。用药期间患者应该注意休息，规律作息，避免熬夜，并且注意保暖，避免着凉，避免吃辛辣、刺激的火锅、冰淇淋等食物，以免影响药效。
儿童按摩对痢疾有很好的疗效。对儿童由于食物造成的损伤，以及由于寒风所致的各种腹泻，都有很好的治疗作用。
儿童按摩是一种治疗痢疾的常用手法。
有一种手法，所有人都很清楚，那就是触碰。就是用手去触摸孩子的肚子。这种肚皮按摩是在肚皮上做一次温柔的触摸。
孩子拉肚子的时候，要顺肠道的蠕动来做爱。
因此要格外留意，小儿拉肚子时，要把握好按摩的方向。若触碰的是反向的，效果会起到反效果，使腹泻加重。
