采用传统的和微创的，现在一般采用微创手术，这种方式恢复快、无痛、手术时间短，不麻烦。避免辛辣刺激性食物，不要饮酒，不要吃凉食，多吃蔬菜水果，多吃含高纤维食物，避免久蹲久坐。
肛瘘手术，如果是单纯性肛瘘，瘘管较直，手术较为简单，直接将瘘管切开即可，手术时间约5-10分钟。如果瘘管弯曲，内口较多，为复杂性肛瘘，多需沿内口切除肛瘘，沿肛瘘管道寻至内口，手术较为复杂。
肛肠科的疾病手术后，都是非常疼的，尤其是在换药的时候，疼痛比较剧烈的，疼痛也是与个体耐受力有关系的。术后注意避免久坐，定时换药。保持个人清洁卫生，养成定时排便的好习惯。
低位肛瘘手术恢复需要一个月左右，因为肛门这个位置每天需要有大便排出，而且位置容易感染，所以恢复比较慢。需要有耐心，要保持大便通畅，软而不硬，才有利于术后恢复。平时以流质软食为主。术后养成定时排便的好习惯，比如每天早起饮用一杯温开水，然后去等5-10分钟厕所，这样坚持可以养成定时排便的好习惯。
低位肛瘘手术可以门诊手术，术后7到10天左右可以恢复。术后恢复多久还要看伤口和采用手术的方法，饮食要多喝水，多吃水果蔬菜，香蕉，苹果，猕猴桃，火龙果，芹菜，菠菜，木耳，蘑菇，冬瓜等，少吃辛辣，海鲜，辣椒，牛羊肉等。排便时间不宜过长控制在3到5分钟即可，平时不宜久蹲久站久坐，排便后有温水清洗肛门。
