若女性在怀孕期间身体患有某些疾病，如流感、肺炎等传染性疾病，那么这些细菌病毒会侵害胚胎从而导致胎儿中毒。若女性的内分泌失调，如甲状腺、脑垂体功能下降，这会导致子宫发育不良，从而无法为胚胎提供良好的生长发育的环境，甚至会对胚胎的发育产生危害，这都会造成先兆流产。
子宫畸形：如果说女性子宫畸形，比如双角子宫，子宫发育不良等都会导致胚胎难以着床，即便着床了也会发育不良，一不小心就会出现先兆性流产症状。胚胎异常：胚胎异常也是导致先兆性流产的原因之一，有一些女性怀孕之后，往往会因为遗传因素。
流产有一个过程，如果出血很少，也没有胚胎组织从阴道内掉出来，小肚子疼和腰酸很轻微，这叫做先兆。先兆流产的原因有在怀孕早期孕妇体内孕酮低引起的。另一个原因就是因为胚胎发育不良导致的自然淘汰。
怀孕后引起胚胎停止发育的原因有很多，有可能胚胎自身有问题，另外卵子的质量有问题，或者是外界的环境以及夫妻染色体有没有问题，所以需要逐项排查的，在临床上原因是很难确定的。
孕妇方面，包括内分泌功能失调如黄体功能不健，甲状腺功能不足等。胎儿方面的因素，则最突出的是受精卵的染色体异常了，约占整个流产儿的25%左右。外环境因素，整个妊娠期间的性生活应持谨慎态度，不恰当的性生活尤其是在早孕早期易引起流产。
确定胚胎停止发育后有的可能会在几天内自己流产排出体外，通常不会自己排出，或者排不干净。这样会滋生细菌，造成宫腔感染，严重会造成大出血，所以胚胎停止发育后要及时清宫。
