精子畸形率高，但是怀孕了，那就说明有一个正常的精子到达了子宫腔，在输卵管和卵子相遇了，精子畸形率高只是说大部分的精子有问题，并不说明一个正常的精子都没有，同房受孕是质量非常好的精子，活力非常好的精子才能够通过宫颈管、子宫腔到达输卵管区。
如果精子畸形率很高，及时到医院治疗，不要担心太多，可以使用一些神经药物来改善。同时，患者必须采取更多的户外活动，提高免疫力，戒烟，吃黑豆，黑芝麻，黑米，黑木耳，牛肉，羊肉，加强身体，性生活不应太频繁。
精子畸形率高不一定会导致胎儿畸形。具体分析如下：
精子畸形是指正常男性精子的头、体、尾部出现变异形态，通常是由精索静脉曲张、精子在附睾发育障碍、生殖道感染等因素导致的。该情况可能会降低精子的活性，从而影响受精功能，使精子、卵子的结合能力降低。但是胎儿畸形一般是指胎儿在子宫内发生的结构或染色体异常，也就是精子和卵子在进行受精之前存在遗传物质异常，在受精之后出现基因突变等现象。所以，精子畸形率高不一定会导致胎儿畸形。
精子正常畸形率高，也是多方面因素的，可能接触放射性物质，阴囊的高温，环境污染甚至心情和情绪都有一定的关系的。也不需要紧张。如果精子的活率和活力还是不错的，精液液化也是正常，还是完全可以备孕的。没有太大影响。适当的远离手机等辐射源，避免接触油漆等，注意保持良好的心态和愉悦的心情。一般影响也不是很大的。
生活习惯不好、不洁性生活、长期服用药物、营养不良、经常高温蒸浴，会导致精子畸形率高。改善精子畸形需要明确病因，对症治疗。日常戒烟戒酒，无熬夜、无久坐。日常可以多吃黑豆、木耳类食物。
可以在医生的指导下，服用药物，具有一定的促精子发育的作用。如果效果不好，可以做精子的筛选。如果精子的畸形率过高，对怀孕的几率有一定的影响，即便是同房后怀孕，也容易出现胚胎发育不好情况的。