阴道肛门瘘临床表现为从轻度溢粪到显著溢粪不等，瘘口小或肛门狭窄或肛门闭锁时则表现为慢性不完全性肠梗阻，排便困难，有顽固的大便秘结有时必须灌肠或用泻剂才能排便，若瘘口很大则无梗阻症状但有排便位置异常、排便疼痛和粪便变形症状。
阴道肛门瘘临床表现为从轻度溢粪到显著溢粪不等，瘘口小或肛门狭窄或肛门闭锁时则表现为慢性不完全性肠梗阻，排便困难，有顽固的大便秘结有时必须灌肠或用泻剂才能排便，若瘘口很大则无梗阻症状但有排便位置异常、排便疼痛和粪便变形症状。
阴道肛门瘘临床表现为从轻度溢粪到显著溢粪不等，瘘口小或肛门狭窄或肛门闭锁时则表现为慢性不完全性肠梗阻，排便困难，有顽固的大便秘结有时必须灌肠或用泻剂才能排便，若瘘口很大则无梗阻症状但有排便位置异常、排便疼痛和粪便变形症状。
先天性肛门闭锁又称锁肛指新生儿肠道没有出口，有时合并直肠尿道瘘或直肠阴道瘘，其治疗分三种情况：新生儿肛门完全没有出口需立即手术，否则导致肠梗阻、常坏死，新生儿死亡；新生儿并发直肠阴道瘘或直肠尿道瘘，大便从阴道或尿道内流出，这类患儿不会导致死亡，但如尿道或阴道存留粪便太多会引起阴道炎或膀胱炎；如闭塞不通的直肠下端位于控制肛门开闭的肛门括约肌上，应在新生儿出生后在腹壁做一直肠造口（人工肛门），在1岁左右再二期手术造肛门。
阴道里偶尔会感觉疼痛，这些症状有可能是阴道炎的表现，需要注意卫生，同时继续观察，如果症状持续，一般就需要通过化验白带常规检查，来明确诊断，平时要注意外阴卫生，勤换内裤，内裤尽量用热水洗，放在阳光下晾晒，可以起到杀菌的目的。
肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能治好肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能肛瘘。
