衣原体感染可以通过外用药物治疗，如克拉霉素。
大环内酯类抗生素是治疗衣原体感染的常用药物，克拉霉素、阿奇霉素、强力霉素、交沙霉素等。如果口服药物治疗效果不理想，可以选择输液治疗。
妇科衣原体感染不仅需要口服药物治疗，还要注意局部清洁卫生，穿宽松的棉质软内衣。
肺炎衣原体感染引起的肺感染，与支原体卡他莫拉菌、嗜血杆菌、军团菌感染的处理方式一致。
红霉素、罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等是临床上常用的大环内酯类药物，根据肺炎衣原体感染的轻重，可以通过口服和静脉给药。
肺炎衣原体感染一般不会出现严重的全身炎症反应，主要表现为高热、白细胞增多、C反应蛋白升高。
衣原体用喹诺酮类、大环内酯类、四环素类等消炎药。
衣原体没有细胞壁的结构，因此不能应用头孢菌素和青霉素。当出现支原体和衣原体感染时，通常会用到喹诺酮类抗生素。其次可以在医生的指导下口服大环内酯类的抗生素，也可以口服四环素类的抗生素。在感染支原体和衣原体后，要及早进行治疗。另外，中医的调理效果更好。
肺炎衣原体感染后，一般会出现高热、白细胞增多、C反应蛋白升高等症状，但主要表现为咳嗽、咳痰或有少量粘痰。如果是胸闷、气急的患者，可以服用大环内酯药物，病情比较重，特别是肺脏比较大的患者，可以通过静脉注射大环内酯类药物，红霉素、阿奇霉素有是静脉制剂。另外，成人还可以服用左氧氟沙星、莫西沙星等喹诺酮类的药物，如果病情严重的，可以通过静脉给药。在进行抗菌药物的同时，还要配合使用解痉平喘、止咳化痰等药物，多喝水，多休息，不要吃辛辣的食品和其他的化学成分。
衣原体用大环内酯类抗生素效果比较好。
大环内酯类抗生素对衣原体比较敏感，患者感染衣原体后，可以遵医嘱使用阿奇霉素、罗红霉素等药物进行治疗。除上述药物外，患者还可遵医嘱使用四环素进行治疗，也可以选择喹诺酮类药物，例如莫西沙星、盐酸左氧氟沙星等。
衣原体肺炎的症状一般比较轻微，主要有咽痛、流涕、发热、咳嗽等症状，一般会出现咽炎、喉炎、鼻窦炎等症状。常用的抗生素有阿齐霉素、乙酰螺旋霉素、大环内酯类抗生素。如果出现干咳、发热、头痛等症状，可以口服止咳药，比如美酚伪麻片、退热药布洛芬胶囊、止疼药阿司匹林等。
