亚临床甲状腺功能减退，原因大致可分为以下4类：
1、原发性甲状腺功能减退。它约占亚临床甲减的96%。
2、继发性甲状腺功能减退。这种情况很少见，主要是由于垂体性疾病导致促甲状腺激素分泌减少。
3、下丘脑性甲状腺功能减退。它主要由下丘脑产生的促甲状腺激素释放激素减少，垂体促甲状腺激素分泌减少引起。
4、外周对甲状腺激素作用的抵抗。甲状腺激素通过核受体发挥生物学效应，与受体的缺乏、t3、t4与受体的结合障碍，以及受体后缺陷，都可能引起外周抵抗甲状腺激素作用，引起甲状腺功能减退。
甲状腺功能减退的原因有许多，有原发性甲状腺功能减退，有继发性甲状腺功能减退。原发性甲状腺功能减退常见原因有桥本氏甲状腺炎、甲状腺手术等。桥本氏甲状腺炎可导致甲状腺细胞破坏，从而出现甲减。
甲状腺功能减退的原因通常是因为身体缺乏碘元素所导致的，而且和日常的饮食也有一定的关系。出现甲状腺功能减退，可能会导致人的身体出现免疫力下降，甚至是身体更加虚弱等。
甲状腺功能不足的生原因多见于以下几个方面：
1、桥本氏甲状腺炎是机体以甲状腺为抗原产生自身抗体，随着病情的发展甲状腺组织逐渐被淋巴细胞取代，导致甲状腺激素合成的场所减少，发生甲状腺功能减退症。
2、核素碘-131引起甲状腺功能亢进、甲状腺癌治疗、甲状腺组织破坏过多引起甲状腺功能减退。
3、甲状腺因甲状腺癌或甲状腺功能亢进，部分甲状腺组织切除，引起甲状腺功能减退症。地方性甲状腺肿也可伴有甲状腺功能减退症，这是因为这些地方远离海边，含碘食物少，合成甲状腺激素原料不足。
甲状腺功能减退是因为患有免疫性甲状腺疾病，比如自身免疫性甲状腺炎、桥本氏甲状腺疾病。或者是甲状腺的术后，以及甲状腺经过了碘131治疗以后，由于甲状腺组织细胞破坏过多引起的功能减退。
新生儿甲状腺增高对儿童的影响分情况说明，具体如下：
1、新生儿促甲状腺激素高，多见于甲状腺功能低下。可能是先天性甲状腺发育不良引起的。儿童可能出现食欲减退、生长发育较慢、腹胀、便秘、黄疸消退迟缓等现象。
2、新生儿甲状腺激素增高是因为T3、T4增高。T3、T4增高时，需要考虑甲状腺功能亢进。临床上，儿童烦躁、食欲亢进，但体重轻、体重增长慢，临床上也容易发生腹泻。
3、新生儿甲状腺激素和促甲状腺激素水平相对不稳定，2周后复查甲状腺可能基本正常，这种情况对儿童影响不大，是常见情况。
